โครงการต้นแบบโรงเรียนไทยรัฐวิทยาเป็นโครงการที่สนับสนุนการพัฒนาทั้งระบบในโรงเรียนไทยรัฐวิทยา เพื่อพัฒนาคุณภาพนักเรียนเป็นสำคัญ และมุ่งมั่นให้โรงเรียนไทยรัฐวิทยาเป็นโรงเรียนที่มีคุณภาพ ดำเนินงานจัดการศึกษาอย่างมีระบบและต่อเนื่อง ตามเจตนารมณ์ที่นำนโยบายการปฏิรูปการเรียนรู้ของกระทรวงศึกษาธิการและแผนยุทธศาสตร์โรงเรียนไทยรัฐวิทยา ฉบับที่ ๓ (พุทธศักราช ๒๕๕๕ – ๒๕๕๘) อย่างเป็นรูปธรรม ซึ่งมีโรงเรียนเป้าหมาย ๑๐๑ โรงเรียน โดยระยะแรกคัดเลือกโรงเรียนภูมิภาคละ ๑ โรงเรียน จำนวน ๕ โรงเรียน เพื่อพัฒนาให้เป็นต้นแบบโรงเรียนไทยรัฐวิทยา พร้อมที่จะเป็นโรงเรียนแม่ข่ายขยายผลในโรงเรียนไทยรัฐวิทยาอื่นๆ ในระยะต่อไปจนครบ ๑๐๑ โรงเรียน
ในปี ๒๕๕๙ เป็นระยะดำเนินการ โรงเรียนที่ได้รับการคัดเลือก ๕ โรงเรียน ประกอบด้วยโรงเรียนไทยรัฐวิทยา ๑๒ (บ้านเอก)จ.เชียงใหม่ โรงเรียนไทยรัฐวิทยา ๔๐ (บ้านควนโพธิ์)จ.สตูล โรงเรียนไทยรัฐวิทยา๗๕เฉลิมพระเกียรติ กรุงเทพฯ โรงเรียนไทยรัฐวิทยา ๘๓ (บ้านห้วยโจด)จ.สระแก้ว และโรงเรียนไทยรัฐวิทยา ๘๗ (นิคมสร้างตนเอง ๑) จ.อุบลราชธานี ดำเนินการใน ๔ ประเด็นหลัก ดังนี้
๑) ดำเนินการตามแผนที่วางไว้
๒) โรงเรียนอบรมพัฒนาคุณธรรมนักเรียนตามกรอบความคิดของโครงการต้นแบบโรงเรียนไทยรัฐวิทยา
๓) คณะกรรมการโครงการมีการนิเทศ กำกับติดตาม ดูแลช่วยเหลืออย่างต่อเนื่อง ใช้เครื่องมือในการนิเทศ กำกับ ติดตาม ที่สร้างไว้ ตามคู่มือการประเมินโครงการ
โครงการต้นแบบโรงเรียนไทยรัฐวิทยา (ปีที่ ๓ ปีการศึกษา ๒๕๕๙) เป็นการนิเทศ ติดตาม ดูแล ช่วยเหลือ ค่าพาหนะ/เครื่องมือในการนิเทศ ค่าเบี้ยเลี้ยง ค่าที่พักและค่าอาหาร ต้นแบบโรงเรียนไทยรัฐวิทยา จำนวน ๕ โรงเรียน